中心配备了完善的蓝细菌培养平台、合成生物发酵平台、仪器分析平台、蛋白纯化平台、蓝细菌产业化示范平台。同时，建设了蓝细菌知识共享平台 CyanoFinder 和蓝细菌动态领域检测平台。