微生物制造工程中心面向国家及山东省面临的能源、化工、资源、环境等领域的重大挑战，致力于开发替代石化制造的绿色生物制造技术，从生产原料、加工过程和终端产品等维度全面升级能源、材料、化学品、医药的传统制造过程，驱动产业模式向可持续的生物制造路线变革。中心以光合蓝细菌、丝状真菌、酿酒酵母等重要微生物为研究对象，以合成生物技术和绿色生物制造技术创新成果的转移转化为目标，开展“基因-蛋白-途径-细胞”等尺度上的基础和应用研究，打造“资源挖掘为平台、基础研究为内核、技术开发为驱动、工程应用为导向”的微生物制造工程创新链条和研究团队。